Seelsorge im Krankenhaus wird haupt- oder nebenberuflich ausgeübt. Die beauftragten Seelsorger werden häufig von ehrenamtlichen Mitarbeitern unterstützt.
Je nach Größe des Krankenhauses und der personellen Ausstattung der Krankenhausseelsorge werden die Patienten zusätzlich oder ausschließlich von der Orts-und/oder Heimatgemeinde aus besucht. Dies geschieht durch pastorale Mitarbeiter der Pfarrgemeinde und/oder durch Mitglieder ehrenamtlicher Besuchsdienste.
Der einzelne Krankenhausseelsorger ist durch die kirchliche Beauftragung gegenüber dem Krankenhaus legitimiert. In einer offiziellen Einführung durch einen Beauftragten des Bischofs wird dem Seelsorger die kirchliche Beauftragung überreicht. Zu dieser Einführung sollten die Leitung, die Mitarbeiter und die Patienten des Krankenhauses eingeladen werden.
Die pastoralen Aufgaben des Krankenhausseelsorgers sind durch die Ordnung der Krankenhausseelsorge des jeweiligen Bistums und eine konkrete Stellenbeschreibung geregelt.
Die verschiedenen in der Krankenhausseelsorge tätigen Personen bedürfen einer ihrer Aufgabe angemessenen Aus- und Fortbildung sowie Begleitung. Wer hauptberuflich in der Krankenhausseelsorge tätig ist, muß entsprechende persönliche und fachliche Voraussetzungen mitbringen.
Damit die geforderten Fähigkeiten zur Entfaltung kommen können, gibt es verschiedene Möglichkeiten der Ausbildung, Fortbildung und Begleitung für die Seelsorger. Diese sollten allen Seelsorgern im Krankenhaus ermöglicht werden.
Neben einer theologischen Ausbildung ist eine Zusatzqualifikation z. B. in „Klinischer Seelsorgeausbildung (KSA)“, nicht nur wünschenswert, sondern dringend erforderlich. Während dieser Ausbildung sollen die Teilnehmerinnen und Teilnehmer in einer Klinik seelsorglich arbeiten. Dabei gilt die Orientierung an den Kranken und an den Erfahrungen im Umgang mit den verschiedenen Mitarbeitern der Klinik als Ausgangspunkt und Maßstab für Theologie und Seelsorge. Methodisch geht es um ein erfahrungsorientiertes Lernen, z. B. durch Fallstudien, Gesprächsprotokolle, Selbst- und Gruppenerfahrungen usw. Darüber hinaus sind beispielsweise Supervision, Mitarbeit in Balint-Gruppen und intensive Kontakte zu den verschiedenen therapeutischen Teams nötig.