Seelsorge im Krankenhaus ist in der Bundesrepublik Deutschland rechtlich geregelt und anerkannt. Sie wird in frei gemeinnützigen (kirchliche oder karitative Organisationen als Träger), in öffentlichen und privaten Krankenhäusern gesetzlich gewährleistet (GG Art. 140, in Verbindung mit Art. 141 der Weimarer Verfassung). Diesem Zugangsrecht der Kirchen entspricht der Rechtsanspruch der Bürger auf freie Religionsausübung (GG Art. 4, Abs. 2). Durch diese rechtlichen Grundlagen ist nicht nur die Ausübung der Seelsorge sichergestellt, sondern auch die Einlösung aller Ansprüche, die zu ihrer Verwirklichung nötig sind (z. B. die Bereitstellung von angemessenen Räumen für Gespräche und die gottesdienstlichen Feiern).
Diese staatsrechtlichen Normierungen und die daraus abgeleiteten Konsequenzen gelten ausdrücklich für die öffentlichen Krankenhäuser, also die staatlichen und kommunalen. Für die privaten Kliniken gilt dieses Recht analog. Kirchliche Krankenhäuser erweitern diesen rechtlichen Rahmen, indem sie den Stellenwert der Krankenhausseelsorge als ein Charakteristikum ihres Hauses deutlich machen und dem gerecht zu werden suchen.
Der einzelne Seelsorger ist bei der Ausübung seines Dienstes im Krankenhaus an die jeweils gültigen Datenschutzgesetze des Bundes und seines Landes, an den kirchlichen Datenschutz, die bereichsspezifische Datenschutzordnung sowie die amtliche Schweigepflicht gebunden und durch das Amtsgeheimnis vor Dritten geschützt.
Im Sinne einer sinnvollen Arbeit der Krankenhausseelsorge ist es unerläßlich, daß vor allem die Krankenhausleitung, die leitenden Ärzte und Pflegekräfte sowie möglichst viele andere Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen des Krankenhauses über Ziele, Inhalte und Arbeitsweise der Seelsorge informiert sind. Seelsorge im Krankenhaus sollte in Aus- und Fortbildung, aber auch im persönlichen Austausch zwischen den Mitarbeitern des Hauses und den Seelsorgern als Thema präsent sein. Am unmittelbarsten wird dies in der Person des Seelsorgers, durch seine regelmäßige Präsenz auf den Stationen und durch seine Arbeit im Krankenhaus selbst erfahren.
Der Verantwortliche für die Krankenhausseelsorge – sei es der Leiter eines Teams oder ein Gemeindeseelsorger – ist verpflichtet, Regelungen zu treffen, daß bei seiner Abwesenheit ein Seelsorger zu erreichen ist. Personelle Veränderungen in der Krankenhausseelsorge belasten nicht selten die davon Betroffenen: Wer wird und kann angemessen diese wichtigen pastoralen Aufgaben übernehmen?